A l’origine, l’emplacement de l’actuelle église Saint-François de Sales était occupé par deux institutions en charge de l’aide aux femmes perdues :

• La maison des filles pénitentes, placée sous l’autorité des religieuses de la Visitation installées à proximité, dans leur couvent de Bellecour : elle accueillait notamment les filles que les familles voulaient voir enfermées en raison d’un comportement jugé contraire aux bonnes mœurs. Certaines de ses pensionnaires prenaient le voile en signe de repentir.
• La maison des recluses, qui avait en charge les filles de mauvaise vie.

Ces deux communautés logeaient dans des bâtiments bien distincts mais partageaient la même chapelle, placée sous le vocable de Sainte-Marie-Madeleine, la prostituée repentie devenue disciple du Christ.

A partir 1690, cette petite chapelle est remplacée par un nouvel édifice toujours dédié à Sainte-Marie-Madeleine. Sa nef correspond au vaisseau central de l’actuelle église Saint-François de Sales. En forme de T, chacun des bras du transept est réservé à l’une des deux maisons : au sud, dans l’actuelle chapelle de la Sainte Vierge, les recluses ; au nord, dans ce qui était la chapelle Sainte Madeleine, les pénitentes. Les deux communautés sont séparées du sanctuaire par une grille. La nef, quant à elle, était ouverte au public.

A la Révolution, l’adoption de la Constitution Civile du Clergé réorganise la vie religieuse et les prêtres ayant prêté serment dirigent les paroisses de la ville.

La chapelle Sainte-Marie-Madeleine devient alors un refuge pour les chrétiens restés fidèles au Pape. La chapelle n’appartenant à aucune paroisse, la situation est tolérée, mais des débordements aux sorties des offices sont l’occasion, pour le Maire en place, Louis Vitet, de faire fermer le lieu de culte. Les bâtiments de la maison des Recluses sont, quant à eux, reconvertis en prison révolutionnaire.

Le Concordat, signé le 15 juillet 1801, installe une stabilité religieuse et entraîne une réorganisation de l’Eglise. A Lyon, c’est le cardinal Fesch qui prend en charge la réorganisation des paroisses et, pour desservir le quartier de Bellecour dont la population est de plus en plus grandissante, crée la paroisse de Saint-François de Sales.

Le nom est choisi en l’honneur de l’évêque fondateur, avec Jeanne de Chantal, de l’ordre de la Visitation et décédé dans le couvent de cet ordre à Bellecour. Le bâtiment de la maison des filles pénitentes est cédé par décret préfectoral à la paroisse pour le logement du prêtre et des vicaires.

L’Église Saint-François de Sales

Si la chapelle semble réouverte dès 1802, les premiers travaux d’agrandissement de l’ancienne chapelle Sainte-Marie-Madeleine ne débutent qu’en 1807 avec l’élévation du bas-côté nord et de sa galerie, faisant ainsi disparaître la chapelle occupée auparavant pas les pénitentes.

Vient ensuite la construction du bas-côté sud qui, comme son pendant septentrional, est surmonté d’une galerie, de la façade incrustée de pilastres corinthiens, ainsi que du chœur et surtout l’élévation de la coupole, caractéristique de l’église Saint-François de Sales. Cette première série de travaux prend fin en 1831.

En 1842, l’architecte lyonnais Claude Anthelme Benoit est chargé de reprendre la direction des travaux. Il entame une réfection de certaines parties existantes : chapelle de la Sainte Vierge, la sacristie et fonds baptismaux. En parallèle, il agrandit l’édifice en adjoignant deux chapelles de chaque côté du chœur : la chapelle Saint-Joseph et la chapelle du Sacré Cœur. On considère qu’en 1847, les travaux sont terminés, dans un style néo-classique pour l’architecture et néo-baroque pour les décors intérieurs, celui que l’on connaît aujourd’hui.

La sobriété imposée par le style néo-classique de l’extérieur de l’édifice ne laisse rien transparaître du contraste étonnant que peut constater tout visiteur lorsqu’il entre dans l’église Saint-François de Sales. Réalisés dans un style néo-baroque, ils sont notamment l’œuvre de grands noms du milieu artistique lyonnais.

Les Décors Intérieurs

Lorsque l’on pénètre dans l’église, le premier élément que l’on peut admirer est le décor de ciel étoilé que l’on retrouve sur la voûte de la nef principale, ainsi que sur les voûtes de tribunes et du transept. Le motif de l’étoile est d’ailleurs un élément présent sur le blason de la Famille de Sales dont est issu le saint protecteur de l’église. Ce décor est l’œuvre du peintre Alexandre Dominique Denuelle qui a également œuvré à l’abbaye Saint-Martin d’Ainay, à la chapelle de l’Hôtel Dieu (où l’on retrouve le même décor de ciel étoilé) ou encore à l’Hôtel de Ville.

Dans le prolongement de la nef principale, dominant le maître autel, se dresse un imposant christ en croix. D’une hauteur de 8 mètres, sa réalisation est plus tardive, tout comme celle du maître autel actuel, et est l’œuvre du sculpteur Ferdinand Parpan. Il est installé dans l’église en 1957. Ce christ en croix a été réalisé dans un souci d’harmonie avec le grand orgue situé à l’arrière, dans l’abside.

Le curé Camille Neyrat fit installer le premier orgue dans l'église, construit par le facteur alsacien Joseph Callinet, en 1835. Il fut remplacé en 1880 par le magnifique orgue actuel, chef d'oeuvre du facteur Aristide Cavaillé-Coll. Cet instrument, classé monument historique en 1977, est resté dans son état d'origine.

Il a simplement été doté en 1901 d'une soufflerie électrique et a été restauré en 1930 par l'entreprise Michel Merklin & Kuhn, puis entretenu par différents spécialistes lyonnais, et aujourd'hui par la Manufacture d'orgues Kuhn SA en Suisse. La décoration est de style néo-Renaissance avec deux grosses tourelles, l'instrument se découpant sur trois étages. De façon originale, il possède à la fois les fonctions de grand orgue d’église et d’orgue d’accompagnement de chorale. Son rendu sonore est qualifié de remarquable. Il a été classé Monument Historique le en 1977. Selon Cavaillé-Coll lui-même : "l'orgue de Saint-François est l'instrument le plus beau et le plus parfait qui soit sorti jusqu'à ce jour de mes ateliers".

Dans le bras sud du transept, à droite lorsque l’on est face au maître autel, se trouve la chapelle de la Vierge qui abrite l’une des œuvres du sculpteur Joseph-Hugues Fabish : la statue de l’Assomption. Ce sculpteur a réalisé de nombreuses commandes pour les églises lyonnaises, notamment à Ainay ou à Saint-Nizier, mais il est surtout l’auteur de la Vierge qui domine Lyon, au sommet de la Basilique de Fourvière. Le bas-relief représente la Nativité de la Vierge.

A droite du chœur, près de la chapelle de la Vierge, dans la chapelle du Sacré Coeur, on peut admirer l’une des œuvres du peintre lyonnais Louis Janmot : "Le Christ présentant l’hostie et le calice". Une partie des œuvres de cet artiste est exposée au Musée de Beaux-Arts de Lyon et notamment la série de tableaux et dessins Les Poèmes de l’âme dans une salle dédiée. La sculpture est d’Emilien Cabuchet, connu pour avoir réalisé la célèbre statue du curé d’Ars à genoux. Le retable de l’autel figurant "les disciples d’Emmaüs" est de Fabisch.

A gauche du chœur, côté Nord, la chapelle Saint-Joseph abrite également un bas-relief de Fabisch : "La Sainte Famille accueillant Saint-Jean-Baptiste". Au-dessus, on peut admirer une sculpture de Saint-Joseph, Père du Christ, réalisée par Armand Caillat. L’ensemble est surmonté d’une peinture figurant La Sainte Famille à son arrivée en Egypte d’Edouard Ravel de Malleval.

Lorsque l’on entre dans le bras Nord du transept on peut voir dans un premier temps, le monument aux morts décoré d’une mosaïque de Georges Décote représentant Sainte-Thérèse de Lisieux, patronne secondaire de la France, entourée à sa droite d’un poilu et à sa gauche de Saint-François de Sales. Cet artiste a également réalisé certaines mosaïques de la Basilique de Fourvière. Dans la continuité du monument aux morts, on trouve les fonds baptismaux : crées par Louis Sainte-Marie Perrin, cet architecte est également à l’origine de la façade de l’église Saint-Bruno des Chartreux et a surtout été en charge de seconder Pierre Bossan dans la construction de la Basilique de Fourvière.

La coupole, à la croisée du transept, accueille des décors peints de Louis Janmot : ils représentent les quatre Archanges (Raphaël, Michel, Uriel et Gabriel) ainsi que les quatre évangélistes (Luc, Jean, Marc et Mathieu). Les décors d’arabesques que l’on voit à la base du dôme sont également de Janmot. Le panneau à l’ouest, représentant "la réconciliation de la science et de la foi au pied de la croix" fait face à une figuration de "la réconciliation de l’ancien et du nouveau testament". Les deux autres panneaux présentent les quatre prophètes de l’ancien testament (Ezéquiel, Jérémie, Isaïe et Daniel) et les pendentifs les quatre évangélistes.

Le Chemin de Croix dans les bas-côtés de la nef est issu de l’atelier d’orfèvrerie Armand-Caillat.

Enfin, dans la rue François Dauphin on peut voir un porche qui provient de l’ancien couvent de la Visitation Sainte-Marie des Chaines, situé à l’emplacement des actuelles Subsistances. Ce porche a été récupéré et réinstallé ici en l’honneur de l’ordre par l’architecte Claude Anthelme Benoit après la démolition du couvent au XIXe siècle.