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Au Ve siècle, la colline de Fourvière est délaissée par ses habitants. Ce phénomène, initié avant le haut Moyen-Âge a de multiples causes : crise économique, pillages, perte du statut de capitale des Gaules, invasions barbares et instabilité politique. La population se déplace en direction du pied de la colline, à proximité du fleuve, sur ce qui sera l'actuel Vieux Lyon.
Les Burgondes, peuple germanique venu du Nord, menés par Gondebaud, alors roi de Burgondie, s'installent à Lyon en 480 et en font, avec Genève, leur capitale. Leur présence à Lyon est brève mais ils lui donnent l'élan nécessaire pour devenir un centre religieux influent.
La "loi Gombette" ou "Lex Burgundionum" inspirée des valeurs chrétiennes et de la loi romaine, est rédigée et mise en place par Gondebaud dans le but d’unifier son royaume. Les Gallo-Romains sont, de leur côté, régis par la "Lex Romania Burgundionum". Ce système législatif permet aux deux entités de conserver leurs juges et les lois qui ne sont pas modifiées par la "Lex Burgundionum". Elle permet, entre autres, les mariages mixtes, le partage des terres, l’entrée dans l’armée, le respect des religions, et régit l’ordre social.
A la mort de Gondebaud en 516, de nombreuses dissensions internes affaiblissent le royaume, provoquant sa chute en 535. Lyon est alors successivement rattachée aux différents royaumes francs qui vont se succéder.
En 534, un peu avant la chute de l'empire Burgonde, Lyon passe sous la domination des Francs et perd son influence politique. Le Roi Gondran choisit Châlon-sur-Saône comme capitale.
Entre le Ve et le VIIe siècle, elle connaît également plusieurs vagues de pillages durant lesquelles les biens de l'Eglise sont spoliés. Elle reste une ville secondaire malgré un certain dynamisme religieux encouragé par des évêques tel que Nizier, évêque de Lyon entre 535 et 573. Ce dernier exerce aussi un pouvoir judiciaire et gère un certain nombre de domaines. Les rois et reines qui se succèdent semblent néanmoins avoir une réelle influence lors des élections épiscopales. Seule l’histoire ecclésiastique nous apporte des renseignements quelque peu précis sur cette époque.
Ce n’est qu’en 798 que Charlemagne donne à la ville et à l'Eglise une impulsion notable, en nommant évêque de Lyon Leidrade, l'un de ses proches conseillers. C’est d’ailleurs ce même évêque qui, dans son rapport adressé à Charlemagne, nous permettra d’avoir plus d’indication sur cette période.
L'évêque, et son successeur Agobard, font réédifier les bâtiments religieux et agrandir le cloître Saint-Jean. Ils créent une école de chantres et affectent une cinquantaine de chanoines à la cathédrale.
Les chapitres Saint-Jean, Saint-Paul et Saint-Georges permettent à Lyon de devenir un centre religieux influent. En 829, de grands conciles réformateurs s'y tiennent. Sa renommée est telle que des clercs viennent depuis l'étranger pour étudier dans la bibliothèque de la ville.
Lyon connaît par la suite une période chaotique qu’elle subit sans protestation. Elle passe aux mains de différents royaumes : la Lotharingie avec le traité de Verdun en 843, la Francie Occidentale de Charles le Chauve en 869, la Provence en 872, pour être finalement intégrée en 942 au royaume de Bourgogne.
En 1032, à la mort du dernier souverain Bourguignon, la ville est léguée au Saint Empire romain germanique. Le royaume de France conteste le legs. Les deux puissances s’entendent pour définir une frontière qui sera la Saône, la ville se retrouve ainsi partagée.
Dès lors, Lyon est tiraillée par les luttes entre le comte de Forez, vassal du roi de France et l'archevêque, lié au Saint Empire. Fort de cet état de fait et loin des organes décisionnels de l’Empire, l’archevêque gagne en puissance. En 1079, il reçoit du Pape Grégoire VII, le titre de Primat des Gaules.
En 1157, la Bulle d'Or de l'empereur Frédéric Barberousse donne à l’archevêque l'exercice des pouvoirs publics sur la ville, tout en renforçant son propre pouvoir.
Ce privilège n'est pas du goût du comte de Forez. Il s'empare de la ville et obtient, par un traité en 1167, le pouvoir partagé avec l'archevêque de Lyon Guichard de Pontigny.
Les péages, qu’ils soient terrestres ou fluviaux étaient levés en commun, mais très vite ce mode de gouvernance s'avère difficile à maintenir.
En 1173, le comte renonce, par traité, à toute possession dans la ville et alentours au profit de l’Archevêque.
Bénéficiant du soutien de Louis VII, le comte récupère une partie de ses terres mais accepte de renoncer à toutes ses possessions sur la rive droite de la Saône au profit de l'Eglise de la ville. L'Eglise de Lyon devient donc la détentrice du pouvoir sur la ville.En 1184, l’Archevêque Jean Bellesmains est le bénéficiare d’une nouvelle Bulle d’Or en tous points identique à celle de 1157. Les conflits entre les lyonnais et l’Eglise vont perdurer jusqu’au début du XIVe siècle.
Durant le XIIIe siècle, le pouvoir temporel de l'Eglise de Lyon s'exerce sur tout le Lyonnais. Les seigneuries ecclésiastiques établies notamment dans les chapitres Saint-Jean, Saint-Just et Saint-Paul, possèdent des territoires dans la Dombes, le Bas-Dauphiné et le Forez, ainsi que d'importants revenus issus de prélèvements et taxes. Les chanoines prennent leurs rôles très au sérieux et circulent dans tout le pays lyonnais.
La position de neutralité conférée par la Bulle d'Or de 1157, renouvelée en 1184, est un atout pour la ville : au XIIIème siècle se tiennent deux conciles, en 1245 et 1274, dans la cathédrale Saint-Jean encore en construction. Ces conciles incitent les marchands à fréquenter la ville, mais l’activité commerciale au XIIIème siècle reste cependant locale et le commerce de l’argent est peu développé.
Le Pape Innocent IV, chassé d’Italie, séjourne à Lyon de 1244 à 1251, Clément V y est couronné en 1305 et Jean XXII élu en 1316.
Au XIIIe siècle, la puissance religieuse de Lyon est à son apogée. Mais cette situation ne va pas perdurer. L'Eglise doit en effet faire face à une baisse de ses revenus au profit des ordres mendiants, mais également à la montée d'une nouvelle bourgeoisie, laïque cette fois-ci, composée de riches drapiers, pelletiers (négociants en fourrure) ou hommes de loi.
Dès 1267, les bourgeois se rebellent contre l'autorité ecclésiastique et parviennent même, pour un temps, à mettre en place un conseil politique constitué de cinquante magistrats. D'un autre côté, le roi de France oblige l'archevêque à lui céder certains droits, saisit tous les organes de gouvernement de la ville et intègre ainsi Lyon dans le royaume de France en 1307.
En 1316, Jean XXII est élu, après une vacance du trône pontifical de plus de deux ans. Il est couronné à Lyon, à la Cathédrale St-Jean, le 3 septembre de la même année, d’où il repart peu de temps après. Ceci illustre bien que la notoriété de Lyon tient souvent plus à la volonté d’autorités extérieures, qu’elle soit le fait d’un pape ou d’un roi, qu’au prestige de la ville et de ses habitants.
Au XIVe siècle, Lyon s'inscrit dans un réel mouvement d'émancipation vis-à-vis de l'Eglise, en faveur de la bourgeoisie laïque. En 1312 Philippe le Bel revient en force en reprenant la complète autorité sur la ville. Cependant, à la demande de l’Archevêque Pierre de Savoie et devant le mécontentement des Lyonnais, le roi redonne au Prélat la justice de première instance et demande aux citoyens un serment de fidélité en avril 1320.
Trois mois plus tard, l'archevêque sous la pression de Philippe V, concède aux bourgeois une charte de franchises, la Sapaudine (ou sabaudia). Cette charte leurs permet de garder leurs privilèges et affranchit la ville de l'autorité ecclésiastique en confiant son administration à un Consulat comprenant douze consuls élus par les maîtres de métier.
Cette charte reconnaît aux bourgeois représentés par les maîtres de métier, le droit de nommer les Consuls qui remplissent diverses charges comme celles de garder les portes de la ville, d’en conserver les clés, d’encadrer la milice armée. Dans la vie quotidienne ils peuvent, entre autres, organiser les secours en cas d’incendie ou recenser les habitants.
Le Consulat prétend alors à commander la ville. Le Prélat conserve la Justice et quelques droits symboliques. L'organisation de la ville évolue. Lyon est désormais divisée en trente six circonscriptions militaires et fiscales : les Pennons.
Aux XIVe et XVe siècles, l'Europe, la France, et bien sûr la ville de Lyon doivent faire face à une période particulièrement difficile. Sur fond de Guerre de Cent ans, les populations doivent affronter un climat capricieux (hivers rigoureux, étés très secs) et de nombreuses épidémies de peste.
A Lyon, en plus des crues du Rhône et de la Saône, une douzaine de récurrences de la peste interviendront entre 1416 et 1550. Toutefois, la ville n’est que très peu touchée par la Guerre, elle ne subit ni pillage, ni siège et ses milices ne se battent que très rarement.
Elle est cependant menacée constamment par des passages de bandes armées dans ses proches environs : les Tards-Venus à Brignais, les Bourguignons à Villefranche, des compagnies de routiers à Trévoux, ou encore des pillards à Tassin, Neuville ou Saint-Genis-Laval. Ces mouvements ne prennent fin qu'en 1444.
Pour aider la ville durant cette période de troubles et contrer Genève et le duc de Savoie dans le secteur marchand, le Dauphin, futur Charles VII accorde à Lyon, en 1420, le privilège de deux foires annuelles auxquelles deux autres viendront se greffer par la suite.
Durant ces foires, les marchandises peuvent circuler sans être soumises aux taxes. Ces privilèges marchands attirent de nombreux étrangers, Florentins, Lombards, Allemands ou Flamands qui vont faire de Lyon la ville florissante qu'elle sera à la Renaissance.